Eigendom en afhankelijkheid
Een belangrijk verschil tussen SaaS-software en maatwerksoftware is het eigendom. Bij SaaS-software ben je in feite een huurder; je bezit de software niet. Als je stopt met het betalen van de licentie of het abonnement, verlies je de toegang. Dit leidt tot een grote afhankelijkheid van de leverancier. Bovendien kan het gebeuren dat een leverancier failliet gaat, wat verstrekkende gevolgen voor je bedrijf kan hebben.
Maatwerksoftware daarentegen biedt meer flexibiliteit wat betreft eigendom. Hoewel het niet altijd direct jouw eigendom is, kunnen er afspraken worden gemaakt met de ontwikkelaars om dit wel te realiseren. In veel gevallen is maatwerksoftware van jou; het wordt specifiek voor jouw bedrijf ontwikkeld, en je bent eigenaar van de broncode en de software. Mocht de huidige ontwikkelaar stoppen, dan heb jij nog steeds toegang tot je software. Je kunt bovendien overstappen naar een andere ontwikkelaar en je software meenemen, omdat je eigenaar bent. Het eigenaarschap van maatwerksoftware biedt een groot voordeel als je volledige controle wilt hebben over je bedrijfsdata en de ontwikkeling van je tools.